上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

IJMS | 多组学联合解析二硫键异构酶对拟南芥根系生长的调控机制

发布时间：2024-07-24

血清质二硫键异构酶（PDI，EC 5.3.4.1）就是一种硫醇-二硫键加硫修复酶，在催化空气氧化反应底物血清质中二加硫物的加硫和重排中起着至关极为重要的帮助。在沉水植物中，PDI具体参与性调结种子资源萌芽和發育，增进胚乳中贮藏血清的加硫可折叠，有着助于花粉量的行成。但是，PDI在根茎生长发育中的帮助从前没科研过。

202历经四年三月份，东北社会刘亚楠开发团队在IJMS（IF=5.6）上刊出了一篇“Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis”的分析论文范文。该分析通过PDI小分子抑制剂16F16剔除PDIDNA，最后深入解析DNA异常对草本观赏植物的作用。报告得出结论，16F16办理非常明显调节拟南芥根茎的观赏植物生长。方便进而骤深入解析16F16办理的作用，笔者食用转录组测序和TMT按量蛋白酶质组学对办理过的根展开了表示谱解析。两组学结合解析阐释了16F16办理下拟南芥幼株根茎减小的调空微信网络，大部分有关苯丙烷生物技术人工和草本观赏植物皮质激素无线信号转导经由。拜谱生物为该研究成果提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，这项研究增强了我们对PDIs在拟南芥根系生长中的重要作用的理解，并为16F16处理后根部缩短的调节机制提供了见解。

文章名称：Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis（IJMS，IF=5.6，2024.3）

客户单位：西北大学

研究材料：拟南芥

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

16F16胁迫会抑制拟南芥根系生长

考虑到研究性学习16F16补救对植株成长的的干扰，参与了植株受力的标准容量的反应校正。报告单揭示16F16补救对拟南芥植株成长的有相关系数可以抑定制用，且伴随着16F16溶度的提升，对植株的可以抑定制用渐渐不断增强。

差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析及亚细胞定位

作著实现对16F16处里组和照表组开始转录组测序察觉到，16F16处里后各有994个的差异把你想表达出来出来出人类染色体，表中330个人类染色体调整，664个人类染色体变动。变动人类染色体的用户长远于调整把你想表达出来出来出人类染色体的用户。由于，可能推算16F16处里后PDI可溶性的调控因此导致某一些有关系的淀粉酶的伸缩给予影晌，因此调控了有关系的人类染色体把你想表达出来出来出的的趋势（图1A）。为着进第一步研究定性分析拟南芥根还缩短的碳原子机能，运用TMT营养物质质组学定性分析了对比组和处置组当中营养物质质谱的改变。共司法鉴定出120个DEPs，中仅53个上涨营养物质和64个降低营养物质，看见3个与拟南芥根部健康成长相关内容的DEPs均降低（图1B）。

亚体细胞市场定位是决定的淀粉酶质工作的关键缘由缘由。安全使用Uniprot拜谱生物对DEPs的亚上皮体细胞手机精确定位手机完成精准分析。按照精准分析结论，DEPs重点隶属于膜（33,40.24%）和胞质溶胶（13,15.85%）。DEPs重点手机精确定位手机于上皮体细胞质这个事实上进一个步骤搭载了事先的发展。因，手机精确定位手机于膜的DEPs对16F16办理有作用，并将会作用拟南芥秧苗的根长发育期（图1C）。

图1|DEGs和DEPs的数据分析还有DEPs的亚内部地位

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

差异表达基因和差异表达蛋白质的通路分析

为研究探讨拟南芥根茎在16F16净化解决后的监测制度，能够GO聚集探讨对DEGs和DEPs的功能键表现进行定义。我们对转录组测序，GO定义但是提示，BP行业类别中同质性聚集的DEGs引用为“对的刺激到的发应”、“对心理压力的发应”和“对生物学的功效的发应”，dna数各用为344个、233个和194个（图2A）。以上菌物历程中下降dna的的比例很高，表面16F16净化解决有机会关键能够压制与的刺激到发应、胁迫发应和生物学的功效发应有关于的历程来下降仿真绿植对胁迫的发应。KEGG手机网络预警径路探讨表面，DEGs在“苯丙烷菌物合并”、“仿真绿植-副猪嗜血杆菌体上下级的功效”、“仿真绿植缴素手机网络预警转导”、“玉米淀粉和绵白糖基础代谢”和“MAPK手机网络预警手机网络预警径路-仿真绿植”等路线中聚集。除仿真绿植缴素手机网络预警转导手机网络预警径路外，另外的4种手机网络预警径路中下降dna较多（图2B）。

借助蛋白质组学结果剖析发掘，KEGG中显著性含有的前10个是“苯丙烷类生态学组成”、“光合用处”、“各样绿植次生分泌物的生态学组成”、“次生分泌物的生态学组成”各种“分泌方式”（图2D）。

图2|相互影响表答染色体和相互影响表答血清质的通道定量分析、

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

蛋白质组学和转录组学联合分析

为了更好地具体分享DEGs和DEPs相互的一些性，小说拜谱生物对转录组和核营养物质组参与了联动分享。共检侧到16个共设DEGs，1几个DEGs表答走势一致，2个DEGs表答走势相近。随后不久参与了KEGG聚集分享，成果发现DEGs和DEPs相对高度聚集了苯丙烷类怪物制品获得方式，之后发现苯丙烷类怪物制品获得方式是影响力拟南芥幼芽根部发育状况的至关重要方式（图3)。

图3|转录组和淀粉酶组的结合阐述

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

拜谱小结

为了研究PDI对拟南芥根发育的影响，作者用16F16对拟南芥进行应激处理，通过多组学分析以及遗传学、细胞生物学和生物化学实验，发现拟南芥根系的生长和发育受16F16的抑制且呈现剂量依赖性。本研究揭示了AtPDIs在根系生长发育中的潜在功能和机制，为未来PDI在拟南芥或其他植物中的功能研究奠定了基础。这一过程中拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合分析等组学技术服务产品体系，助力发表高分文献，欢迎致电咨询！

参考文献：Liu Y, Song P, Yan M, Luo J, Wang Y, Fan F. Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis. Int J Mol Sci. 2024 Mar 22;25(7):3596. doi: 10.3390/ijms25073596

返回列表

拜谱生物:「上一篇」质谱技术的发展及其在蛋白质组学中的应用

「下一篇」Microbiome（IF=13.8）｜拜谱生物多组学技术揭示高尿酸血症引起的肠道菌群失调在肾损伤中的作用和潜在机制