上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出很广的生物工程生物，涉及抗肿癌和抵抗疾病毒功能。一般，三萜是实现甲羟戊酸经过组成的，并从纯天然花草和真菌孢子中取出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学科研文献资料。该科学科研挖掘三萜类化学物质虫草酸（GA）是顺利通过液态物质培养出的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物体图片转换诞生的。借助转录组和胆固醇质组学工艺进一步明确一个脚印摸索无柄虫草菌丝体中DHT诞生两者虫草酸（GA）的制度化，并表明多个学工艺判断到的异同基因组和异同胆固醇，推断出DHT 菌物体结合 GA 的路径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和模块分为

凭借对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体实施转录组测序共拥有67230个转录本和14293个单表观遗传。在以上单表观遗传中，498个被技术鉴定为相互影响展现表观遗传（DEGs），这当中213个展现上浮，279个展现下跌（图1A）。GO丰度研究后，DEGs可以分为生态学步骤（BP）、受损受损细胞含量（CC）和原子性能（MF）3类。在BP类型中，经常出现了前3个子类型：抗菌素工业制硝酸分解基础消化吸收步骤，冰醋酸盐分解基础消化吸收步骤和甲酸盐分解基础消化吸收步骤;而在CC类型中，受损受损细胞外区、突触组合体、突触格局是前3个亚类。针对于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）催化亲水性、硫化替换酶催化亲水性和酸氨（或酰胺）连到酶催化亲水性是前3个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路研究中，前30条丰度度最高的人的径路中含27条是指分解基础消化吸收，这当中甲烷气体分解基础消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐分解基础消化吸收、丙酸盐分解基础消化吸收数据信号径路重要丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能模块几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄野生灵芝病菌菌丝体使用蛋清质组学解析，共要肯定了16,457种个性肽、2606种蛋清质和2588种按量蛋清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选标准下，来到2606种蛋清质中，94种被鉴定会为异同性表述爱蛋清（DEPs），这里面52种上浮，42种调低（图2A），图2C表明了异同性表述爱蛋清的聚类分享解析热图。从GO解析你看，BP类表明，绝大部分数DEPs体验乙酸盐神经神经神经元分解新陈排泄率方式中、抗生素类拆解神经神经神经元分解新陈排泄率方式中和肿瘤药物拆解神经神经神经元分解新陈排泄率方式中。CC类DEPs在神经神经神经元外区、过硫化物酶体和微体中总额较高的人，硫化备份酶可溶性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性酶类在MF类中DEPs的比倒较高的人（图2B）。与转录组报告单同类，KEGG通道解析表明，一些DEPs在神经神经神经元分解新陈排泄率中丰度，这里面3条最丰度的行业是光合生态学体中的碳稳定、碳神经神经神经元分解新陈排泄率和MAPK网络信号通道（图2D）。还有就是，在解析GO数据资料库的CC对DEPs使用亚神经神经神经元定位手机解析和注音（图2E），DEPs注意区域划分在神经神经神经元质（40.66%）、神经神经神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生态学体合并的注意地址。

图2|蛋清质组的定量具体分析具体分析和功能表查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转成和差表组获选DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个对比具体进行分析描述染色体（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共要的DEGs/DEPs对其进行聚类具体进行分析法具体进行分析，察觉到mRNA和蛋清质当中有1几个上浮染色体和几个下降染色体，DEGs两者汉语翻译的DEPs描述平均水平呈正对应，依托于Pearson的对应公式具体进行分析，在转录组和蛋清质组当中探测到相对比较较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测报告单现示，E组和C组14个DEGs的表明的水平的差异有效，进来9个为上浮DEGs，6个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明市场趋势与转录多组分析报告单不一样。

图3|核膳食纤维组的定量解析解析和功用查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）